Es un sistema de disposición final de aguas residuales en el mar que permite facilitar el tratamiento natural en el medio marino, aprovechando su capacidad para asimilar y transformar las sustancias del afluente doméstico.

En el mar desarrollan una serie de fenómenos físicos, químicos y biológicos que reducen significativamente las cargas orgánicas y bacterianas, sustancias típicas de las descargas domésticas.

El agua de mar es un medio hostil y mortal para la mayoría de los organismos patógenos y tiene su sistema biológico definido. Se alcanzan diluciones inmediatas iniciales mínimas del orden de 100 a 1 en forma consistente durante los primeros minutos y a pocos metros de la descarga, lo que reduce la concentración de materia orgánica y nutriente en forma rápida y sustancial a niveles que no tendrán efectos ecológicos adversos en el mar.

La salinidad, la temperatura, la radiación ultravioleta y las corrientes del mar contribuyen significativa y rápidamente a la reducción de sustancias contaminantes y a la reducción bacteriana. La introducción de nutrientes y materia orgánica en condiciones adecuadas a un ambiente oceánico, usualmente deficiente en ellos, es beneficioso en muchas situaciones. El mar con su capacidad de asimilación requiere de estas sustancias para el establecimiento de una cadena alimenticia para la subsistencia de sus organismos vivos.

En 1995, año en el que se creó Aguas de Cartagena, la situación de los servicios de Acueducto y Alcantarillado en la ciudad era deficiente. La falta de un manejo adecuado para la disposición de las aguas residuales afectó gravemente los cuerpos de agua que bañan la ciudad. Es por esto que se requería de acciones inmediatas. Así mismo se buscaba expandir la cobertura y el alcance de las redes de acueducto y alcantarillado de la ciudad con el fin de mejorar la condición de los cuerpos de agua y calidad de vida de la población cartagenera, se vio la necesidad de implementar un plan Maestro de Acueducto y Alcantarillado que tenía como objetivos:

Aumentar cobertura de Acueducto y Alcantarillado (>95%)

Organizar la recolección, tratamiento y disposición final de las aguas residuales

Sanear los cuerpos de agua de la Ciudad

Aumentar la confiabilidad de los sistemas de Acueducto y Alcantarillado

Cuenta con los componentes para realizar el tratamiento preliminar de las aguas residuales consistentes en 8 militamices rotativos de 1 .5 mm de separación y 2 desarenadores de tipo vórtice que en conjunto realizan los procesos de remoción de sólidos suspendidos, sólidos, sedimentables, materiales flotantes, grasas y captura de arenas y gravas

Para cada uno de estos objetivos se realizaron actividades específicas que aportaron y fueron pilares para que el Emisario hoy ya tenga un año de estar en funcionamiento.
En el aumento de la cobertura del acueducto se dio la construcción de 73 Km de redes domiciliarias de acueducto y 11 Km de redes arteriales que han beneficiado entre otros, a los barrios El Pozón, Villa Estrella, La María, San Francisco, Faldas de La Popa, Puerta de Hierro y Escallón Villa y en alcantarillado se dio la expansión de la red de alcantarillado en las zonas Suroriental, Suroccidental y Norte de la ciudad que incluyó a los barrios El Pozón, Villa Estrella, San José de Los Campanos y el corregimiento La Boquilla, entre otros, mediante la construcción de 194 Km de redes de alcantarillado, además, al mejoramiento de la capacidad de conducción de los colectores mediante el refuerzo y construcción de 29 Km de colectores de alcantarillado y la construcción de 6 estaciones de bombeo e impulsiones.
Para poner en funcionamiento El Emisario Submarino se realizó la ampliación de la Estación de Bombeo Paraíso y la construcción de 20.5 Km de conducción de 1.830 mm de diámetro hacia la Planta de Tratamiento y el sitio de disposición final.